Nel biennio 1988-89, il Consorzio per l'Università di Foggia fece un primo importante passo verso la creazione di un polo universitario nella città, organizzando una serie di seminari tenuti da docenti della Facoltà di Economia dell'Università di Bari. Questi incontri rappresentarono una base fondamentale per la futura espansione accademica a Foggia.
A partire dall'anno accademico 1990-91, vennero attivati a Foggia i corsi universitari ufficiali per le Facoltà di Economia, Giurisprudenza e Agraria. Questi corsi erano inizialmente "gemmati" dalle rispettive Facoltà di Bari, ma ciò non impedì loro di gettare solide basi per lo sviluppo accademico autonomo della città.
L'anno accademico 1994-95 segnò un momento cruciale nella storia accademica di Foggia, con l'autonomia della Facoltà di Economia e la costituzione del proprio Consiglio di Facoltà.
Il Consiglio nominò la professoressa Valeria Spada come prima Preside della Facoltà, che guidò l'istituzione con dedizione e competenza fino al termine del suo mandato nel 2003. In riconoscimento del suo contributo significativo, l'Aula Magna di Ateneo, situata nell'attuale Dipartimento, è oggi a lei intitolata.
Nel corso dei primi anni, la Facoltà di Economia vide una crescita esponenziale nel numero degli studenti iscritti. Dai 545 iscritti nell'anno accademico 1990-91, si passò a oltre 3200 nell'anno accademico 1998-99. Questo aumento rifletteva non solo l'attrattiva dei corsi offerti, ma anche la crescente reputazione dell'Università di Foggia come centro di eccellenza accademica.
In seguito alla Riforma Gelmini del 2010 e con l'approvazione del nuovo statuto di Ateneo del 2012, la Facoltà di Economia si trasforma in Dipartimento.
Nell'anno accademico 2023/2024 al Dipartimento di Economia afferiscono 5 corsi di laurea, con una popolazione di più di 1400 studenti.
Inizialmente, la Facoltà di Economia era situata in via IV Novembre 1, oggi conosciuta come Largo Papa Giovanni Paolo II. L'edificio che ospitava la Facoltà è un pregevole esempio di architettura di fine XIX secolo, con una storia affascinante: inizialmente sede dell'Istituto liceale V. Lanza, fu trasformato nel 1923 in Tribunale civile e penale, prima di diventare la culla della formazione economica a Foggia.
Il Dipartimento di Economia si è trasferito nel 2003 presso la sede del Depositi Cavalli Stalloni in Via Caggese.
Subito dopo l'Unità d'Italia, nel 1869, il Governo italiano avviò una serie di iniziative per sostenere l'allevamento equino, con un occhio di riguardo per le esigenze militari. In quest'ottica, vennero istituiti sull'intero territorio nazionale i Depositi Cavalli Stalloni, il cui scopo principale era fornire cavalli all'esercito, destinati a vari impieghi specifici.
Il Deposito Cavalli Stalloni di Foggia fu istituito con Decreto Luogotenenziale nel 1915, ma venne ufficialmente inaugurato solo nel 1931. Situato su una vasta area di 22 ettari, il deposito comprendeva scuderie e una pista di galoppo. Questo centro non si limitava a servire la regione Puglia, ma estendeva le sue competenze anche alle regioni Abruzzo e Molise.
Nel 1996 la Regione Puglia e l'Università di Foggia hanno formalizzato il comodato d’uso novantennale che ha consentito all’Ateneo di occupare parte degli spazi del Deposito Cavalli Stalloni.
